Son todas aquellas fuerzas o grupos de tarea integrados por elementos de las diferentes fuerzas de tipo, para el cumplimiento de misiones específicas. La principal fuerza operativa de la Armada es la Escuadra Nacional, cuyas dotaciones se preparan y entrenan permanentemente, para cumplir con su rol de defensa de la soberanía y la integridad territorial del país.

Las Zonas Navales, desde el extremo norte hasta la Antártica, dependen del Estado Mayor General de la Armada y conforman fuerzas operativas y logísticas, con el fin de contribuir a la defensa del frente marítimo y al control y protección del tráfico de naves en sus respectivas áreas jurisdiccionales. Es por ello que están constituidas con medios de combate, de patrullaje y de apoyo logístico

Tiene su puerto base en Valparaíso y está conformada por buques oceánicos de combate de superficie y de apoyo logístico. Las unidades de la Escuadra tienen capacidad para operar en alta mar, ejerciendo el control y fiscalización del mar, hasta el borde de las 200 millas que comprende la Zona Económica Exclusiva de Chile.

Resguarda además los intereses nacionales en los territorios insulares oceánicos, como Isla de Pascua y el archipiélago Juan Fernández. En apoyo a la Política Exterior del Estado, los buques de la Escuadra participan en los esfuerzos internacionales por mantener la paz y estabilidad, en las regiones donde están presentes los intereses de Chile.

Esta es una fuerza de apoyo operativo que tiene bajo su control los aviones y helicópteros de la Institución, junto a toda la infraestructura terrestre y de apoyo correspondiente. Su base principal está ubicada en Concón, donde se asientan escuadrones de aeronaves que cumplen roles de ataque, exploración aeromarítima, instrucción y propósitos generales.

Las unidades de la Aviación Naval prestan apoyo a las fuerzas navales de superficie, submarinas y de Infantería de Marina, para contribuir al éxito de las operaciones navales. Sus aeronaves realizan de manera insustituible las tareas de exploración aeromarítima y vigilancia del Mar Territorial y de la Zona Económica Exclusiva. Además, cumplen una importante labor de búsqueda y rescate en el mar, en beneficio de bañistas, deportistas náuticos y naves de todas las banderas que se encuentran en las aguas sujetas al control y responsabilidad de la Armada. Actualmente se encuentra en desarrollo el Proyecto "Alcatraz", que consiste en la renovación de sus aviones de exploración y transporte con modernas aeronaves multipropósito C-295.

Está conformada por dos unidades de fabricación alemana clase U-209, el "Simpson" y el "Thomson", junto a otros dos de la clase Scorpene, el "O'Higgins" y el "Carrera". Estos últimos son submarinos de última generación, que figuran entre los más modernos del mundo en su tipo. Los adelantos incorporados en su sistema de propulsión diesel-eléctrico les permiten operar con el máximo sigilo en alta mar, mientras que su elevada integración de sensores y sistemas de armas los transforman en elementos de disuasión altamente efectivos. Su operación, de manera individual o en conjunto con otras fuerzas, cumple la misión de disuadir cualquier amenaza contra los intereses marítimos de Chile o su integridad territorial.

A esta misma fuerza pertenece el buque madre de submarinos "Almirante Merino", vital para el apoyo logístico de las unidades, en conjunto con la infraestructura existente en su base, ubicada en Talcahuano.

Está constituido por fuerzas que cumplen tres roles principales: la proyección del poder naval hacia tierra, la defensa de costa y tareas de orden y seguridad en las Zonas Navales. Sus unidades principales están constituidas por cuatro destacamentos, asentados en las ciudades de Iquique, Viña del Mar, Talcahuano y Punta Arenas.

En su rol de proyección del poder naval, el Cuerpo de Infantería de Marina posee un Batallón de Asalto Expedicionario con capacidad de despliegue a gran distancia, por un tiempo definido, para el cumplimiento de su misión. Pueden operar de manera conjunta con el Ejército. Para su movilidad se integra a los medios del Comando Anfibio y de Transportes Navales.

En su rol de Defensa de Costa el Cuerpo Infantería de Marina posee Unidades de Artillería de Costa y de Vigilancia Costera asociadas a la Defensa del Frente Marítimo de los diferentes Teatros de Operaciones.

En cuanto a su rol de Orden y Seguridad el Cuerpo de Infantería de Marina posee Guarniciones IM orientadas a otorgar protección a las instalaciones y Unidades navales, en las distintas Zonas Navales.

El Cuerpo de Infantería de Marina, además, tiene la responsabilidad técnica de las Bandas Instrumentales de la Armada orientadas a participar en ceremonias militares, actividades protocolares y honores reglamentarios.

El entrenamiento que reciben los Infantes de Marina para el cumplimiento de sus tareas propias, les ha permitido participar con éxito en distintas misiones de paz de Naciones Unidas, la primera de las cuales fue en Camboya, en 1993. Actualmente, los Infantes de Marina de Chile se encuentran presentes en las misiones de paz de la ONU en Haití y Chipre, además de un observador en el Oriente Medio.

El Cuerpo de Infantería de Marina también realiza labores de desminado humanitario, en cumplimiento de tratados internacionales suscritos por el Estado. Personal especializado de la Infantería de Marina integra la Partida de Operación de Minas Terrestres de la Armada (POMTA), que realiza sus tareas principalmente en la zona austral del país, bajo la supervisión técnica de la Comandancia General del Cuerpo IM y de la Comisión Nacional de Desminado.

Está conformado por las barcazas "Valdivia", "Chacabuco" y "Rancagua", con base en el puerto de Valparaíso.

Estas unidades permiten el despliegue rápido de las fuerzas de Infantería de Marina, medios de asalto anfibio, vehículos de transporte terrestre y fuerzas militares expedicionarias que el mando pertinente desee llevar a tierra. De esta manera, las unidades de esta fuerza operativa contribuyen al eficaz desarrollo de las operaciones anfibias, en cualquier lugar del territorio nacional. Constituyen además el principal eslabón en el apoyo a comunidades insulares y otras, cuya conexión con el resto del país depende fundamentalmente de las vías de comunicación marítima.

Esta fuerza de combatientes de elite agrupa a Buzos Tácticos y Comandos de Infantería de Marina, los que están dotados de un alto nivel de entrenamiento, que les permite actuar en todo terreno y bajo cualquier condición, cumpliendo funciones de apoyo a las restantes fuerzas dependientes del Comando de Operaciones Navales.

Es una fuerza operativa de estructura permanente, capacitada para ejecutar una amplia gama de tareas, en beneficio de la planificación institucional conjunta y combinada.

Las lanchas misileras de la Armada tienen sus bases en los puertos de Iquique (IV Zona Naval) y Punta Arenas (III Zona Naval), donde se sitúan también sus respectivos mandos. Son fuerzas que poseen un enorme potencial de combate, dadas sus características de maniobrabilidad y poder de fuego, lo que les permite contribuir efectivamente a la disuasión en sus respectivas áreas de operaciones.

Ambos Comandos, Norte y Sur, comparten un origen común, en la década de los ochentas, y sus unidades han sido distribuidas posteriormente de acuerdo a las necesidades establecidas por la Armada.

Actualmente, el Comando de Misileras Norte está integrado por las lanchas misileras tipo 148 "Teniente Uribe", "Teniente Orella", "Guardiamarina Riquelme" y "Teniente Serrano", además del Patrullero de Servicio General "Contramaestre Ortiz", como unidad de apoyo logístico. El Comando de Misileras Sur lo conforman las unidades clase SAAR IV "Casma", "Chipana" y "Angamos".