La contienda fratricida de 1891, encontraría al Ejército, por su natural y doctrinaria distancia con respecto a la política, alejado de las dos tesis en pugna y no se involucró durante la larga lucha entre el Ejecutivo y el Legislativo, previas al inicio del conflicto armado. Una vez detonado éste, la gran mayoría del Ejército, consecuente con la doctrina institucional y su respeto a la Constitución, no dudó en ponerse junto al Presidente Balmaceda.

Oficiales del Regimiento Cazadores de fines del siglo XIX

Terminado el conflicto y establecido el nuevo Gobierno, el 2 de enero de 1892 se materializó legalmente la existencia del nuevo Ejército, fijándose su dotación en 6.000 plazas. También el Gobierno, convencido de la importancia del Servicio Militar Obligatorio, encargó el 2 de febrero de 1899 la redacción de un proyecto de ley, que luego de algunas modificaciones, se convirtió en Ley de Reclutas y Reemplazos del Ejército y la Armada, siendo promulgada en septiembre de 1900.